L'île de Sein se situe à environ 5km de la Pointe du Raz.
Elle fait partie d'une arête granitique dont la partie immergée forme la barrière de récifs appelée la "chaussée de Sein". La chaussée s'arrête un peu après le phare d'Ar-Men.
L'île s'étend sur environ 2km. Elle est en forme d'un S à l'envers. Sa partie centrale s'étrangle, mesurant à peine 50m de large.
A l'Est, l'île est occupé par le port et le bourg. Toutes les habitations y sont rassemblées. Le grand phare de l'île se trouve à l'extrémité ouest.
Des plages de galets et de sable bordent l'île et constituent un rempart fragile contre les temêtes.
L'Homme a construit des digues afin d'éviter la destruction de l'île lors de tempêtes.
L'altitude moyenne de l'île est d'environ 1,5, c'est-à-dire, environ la taille d'un enfant de 10 ans !
Plusieurs fois, elle fut presque submergée lors de tempêtes. Celles de 1830, 1868 et 1897 ont marqué les habitants par leur extraordinaire puissance. Les Sénans (habitants de l'île) étaient allés se réfugier sur les toits de leur maisons pour ne pas être emportés.

L'île se trouve au milieu d'une zone de récifs étendu et dangereuse. La chaussée de Sein est parcourue par des courants violents en vives eaux (dépassant facilement les 6 noeuds).

Un axe important de navigation commerciale passe non loin de l'île. Elle fut témoin de nombreux naufrages.

Au XIXè siècle, plusieurs phares sont construits sur son pourtour, dont le plus célèbre est celui d'Ar-Men à l'Ouest de l'île.